Dar color con Photoshop - Sombras

Creo una nueva capa y para mayor claridad, le cambio el nombre y la nombro "sombras".

Esta capa la coloco encima de la de colores planos y debajo de la capa del dibujo.

Le cambio la opacidad a un 65% (esto va en gustos, podrías dejar las sombras opacas, o al contrario ponerlas aún más transparentes para un efecto más suave).

Luego con la herramienta pincel, marco por dónde van a ir las sombras.